Su epistemología (teoría del conocimiento) no cree en la existencia del innatismo y el determinismo considerando el conocimiento de origen sensorial, por lo que rechazala idea absoluta en favor de la probabilística matemática. Para Locke, el conocimiento solamente alcanza a las relaciones entre los hechos, al cómo, no al por qué. Por otraparte cree percibir una armonía global, apoyado en creencias y supuestos evidentes por sí mismos, por lo que sus pensamientos también contienen elementos propios delracionalismo y el mecanicismo.
Cree en un Dios creador cercano a la concepción calvinista del gran relojero, basando su argumentación en nuestra propia existencia y laimposibilidad de la nada de producir el ser, un Dios tal cual como lo describe el pensador del racionalismo Descartes en el Discurso del método en la tercera parte del mismo. Dela esencia divina solamente pueden ser conocidos los accidentes y sus designios solamente pueden ser advertidos a través de las leyes naturales.
Trata la religión comoun asunto privado e individual, que afecta solamente a la relación del hombre con Dios, no a las relaciones humanas. En virtud de esta privatización el hombre se libera desu dependencia de la disciplina e imposiciones eclesiásticas y sustrae la legitimidad confesional a la autoridad política, puesto que considera que no hay base bíblicapara un estado cristiano.
Considera la ley natural un decreto divino que impone la armonía global a través de una disposición mental (reverencia, temor de Dios, afectofilial natural, amor al prójimo), concretada en acciones prohibidas (robar, matar y en definitiva toda violación de libertad ajena), que obligan en favor de la convivencia.